摘要：一组研究人员开发了一种计算方式，以识别和更好地理解类病毒和类病毒共价封闭环状RNA (cccRNAs，也简称为环状RNAs)。
来自美国国家医学图书馆(NLM)和合作学术研究机构的一组研究人员开发了一种计算方式，以更好地识别和理解类病毒和类病毒共价封闭环状RNA (cccRNAs，也简称为环状RNAs)。这是一种单链RNA，与线性RNA不同，它形成一个共价封闭的连续圈。它是最小的复制因子，通常不编码蛋白质，并劫持细胞酶进行复制。研究结果发表在《Cell》杂志上。
图1 研究人员开发了一种计算方式以更好地识别和理解类病毒和类病毒共价封闭环状RNA（图源：[1]）
类病毒是只有250到400个核苷酸的环状RNA，是已知感染因子中最小和最简单的，被认为只在植物中引起感染。类病毒和类病毒RNAs的多样性目前尚不清楚，这导致研究人员对这些亚病毒因子及其在其他环境和宿主中的可能丰度进行了更多的研究。
通过搜索类病毒cccRNAs的5131个元转录组和1344个植物转录组，研究人员发现了11378个类病毒cccRNAs，横跨4409个物种水平的簇。与之前发现的类病毒元件相比，转录组搜索使类病毒环状RNA多样性增加5倍。此外，本研究还发现了许多假定的类病毒、卫星RNA、逆转录酶和类核糖病毒。
在这个多样化的集合中，研究人员发现，这种独特的病原体并不像以前认为的那样仅限于传播到少数植物中，而是在各种环境和宿主中普遍存在并大量存在，可与更广为人知的RNA病毒相媲美。此外，人类丁型肝炎病毒(D型肝炎)的远亲被发现，揭示了这种重要的人类病原体的起源。
更重要的是，这些类病毒环状RNAs可以被内源性CRISPR系统靶向，一些cccRNAs可以在原核生物（不止在植物中）中复制。科学家在类病毒RNA中鉴定出不同的核酶和核酶组合，在环境病毒、一些类有丝分裂病毒和编码卫星病毒样cccRNAs的衣壳中发现了自切割核酶。类病毒cccRNAs在不同转录组和生态系统中的广泛存在意味着它们的宿主范围远比目前已知的更广。
“这项工作为全世界的研究人员开辟了新的方向，”Eugene V. Koonin博士说。“我们目前正在进行一些后续分析”。
参考资料：
[1] Benjamin D. Lee, Uri Neri, Simon Roux, Yuri I. Wolf, Antonio Pedro Camargo, Mart Krupovic, Peter Simmonds, Nikos Kyrpides, Uri Gophna, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin. Mining metatranscriptomes reveals a vast world of viroid-like circular RNAs. Cell, 2023
摘要：一组研究人员开发了一种计算方式，以识别和更好地理解类病毒和类病毒共价封闭环状RNA (cccRNAs，也简称为环状RNAs)。
来自美国国家医学图书馆(NLM)和合作学术研究机构的一组研究人员开发了一种计算方式，以更好地识别和理解类病毒和类病毒共价封闭环状RNA (cccRNAs，也简称为环状RNAs)。这是一种单链RNA，与线性RNA不同，它形成一个共价封闭的连续圈。它是最小的复制因子，通常不编码蛋白质，并劫持细胞酶进行复制。研究结果发表在《Cell》杂志上。
图1 研究人员开发了一种计算方式以更好地识别和理解类病毒和类病毒共价封闭环状RNA（图源：[1]）
类病毒是只有250到400个核苷酸的环状RNA，是已知感染因子中最小和最简单的，被认为只在植物中引起感染。类病毒和类病毒RNAs的多样性目前尚不清楚，这导致研究人员对这些亚病毒因子及其在其他环境和宿主中的可能丰度进行了更多的研究。
通过搜索类病毒cccRNAs的5131个元转录组和1344个植物转录组，研究人员发现了11378个类病毒cccRNAs，横跨4409个物种水平的簇。与之前发现的类病毒元件相比，转录组搜索使类病毒环状RNA多样性增加5倍。此外，本研究还发现了许多假定的类病毒、卫星RNA、逆转录酶和类核糖病毒。
在这个多样化的集合中，研究人员发现，这种独特的病原体并不像以前认为的那样仅限于传播到少数植物中，而是在各种环境和宿主中普遍存在并大量存在，可与更广为人知的RNA病毒相媲美。此外，人类丁型肝炎病毒(D型肝炎)的远亲被发现，揭示了这种重要的人类病原体的起源。
更重要的是，这些类病毒环状RNAs可以被内源性CRISPR系统靶向，一些cccRNAs可以在原核生物（不止在植物中）中复制。科学家在类病毒RNA中鉴定出不同的核酶和核酶组合，在环境病毒、一些类有丝分裂病毒和编码卫星病毒样cccRNAs的衣壳中发现了自切割核酶。类病毒cccRNAs在不同转录组和生态系统中的广泛存在意味着它们的宿主范围远比目前已知的更广。
“这项工作为全世界的研究人员开辟了新的方向，”Eugene V. Koonin博士说。“我们目前正在进行一些后续分析”。
参考资料：
[1] Benjamin D. Lee, Uri Neri, Simon Roux, Yuri I. Wolf, Antonio Pedro Camargo, Mart Krupovic, Peter Simmonds, Nikos Kyrpides, Uri Gophna, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin. Mining metatranscriptomes reveals a vast world of viroid-like circular RNAs. Cell, 2023
